Sein Hauptwerk ist das von ihm ins Leben gerufene und durch Jahrzehnte effektiv arbeitende Armenische Hilfswerk. Als Reaktion auf die hamidischen Armeniermassaker 1894 bis 1896, die bereits genozidalen Charakter hatten, gründete er schon 1896/1897 in einer großen humanitären Werbekampagne, die ihn durch ganz Deutschland führte, sein Hilfswerk. Es wurden Hilfsstationen sowohl in der Türkei als auch in Persien und Bulgarien aufgebaut, denn die von Mord und Totschlag bedrohten Christen flüchteten damals aus der Türkei in jene Länder. Eines der wichtigsten Werke von Lepsius ist seine 1919 veröffentlichte Publikation „Deutschland und Armenien 1914–1918: Sammlung diplomatischer Aktenstücke“, auch bekannt als „Lepsiusdokumente“, die später zum wichtigsten Schriftstück zum Völkermord an den Armeniern werden sollte.

Mit Blick auf die existentiellen Folgen, die ihre ebenso persönliche wie politische Entscheidung nach sich zog, schrieb Wolfgang Huber einmal, klönne man Johannes Lepsius durchaus mit Dietrich Bonhoeffer vergleichen.

Das Lepsiushaus Potsdam beschäftigt sich mit Gewaltpolitik, insbesondere dem Völkermord an den Armeniern 1915/16, und mit Fragen der Menschenrechte.

Literatur: